內政部一○四年十月提報「晶片國民身分證全面換發計畫草案」送交行政院審議，當時規劃晶片身分證整合身分證、自然人憑證及健保卡，所謂「多卡合一方案」。但因質疑聲浪不斷，目前構想已排除健保卡，至於指紋存檔、開通自然人憑證，則尊重民眾意願。資安專家表示，內政部退縮，更顯得這項政策沒有必要性，「為做而做」。
中研院資訊科學研究所副研究員莊庭瑞表示，目前有晶片功能之數位憑證，都有明確用途；譬如提款卡用於提款，健保卡用於醫療，使用時，有一個很重要的過程為晶片卡與後端的資料庫進行「身分確認」，身分無誤之後，才能進行下一步動作。
莊庭瑞指出，民眾用紙本身分證去申辦不特定的多種業務，戶政單位並不過問；未來憑證電子化之後，戶政司必須建置龐大資料庫，隨時進行各地民眾傳輸而來的「身分確認」訊息，但目前戶政司根本沒有管理龐大資料庫的能力。
不具名資安學者表示，在臺灣生活，報稅可用自然人憑證、健保卡，開車用駕照，出國用護照，網路身分辨識可用自然人憑證，他看不出晶片身分證有什麼「獨特」功能，原本要整合健保卡，後來又退縮，顯示內政部沒有想清楚晶片身分證的用途，「為做這件事，而做這件事」，係為博取「數位政府」的虛名。
此外，任何資料庫均非百分之百沒有被駭客入侵的風險，伺服器儲存這麼龐大的資料，晶片身分證一用十年，這麼長的時間，被入侵的風險將隨著駭客技術進步而增高。
內政部則強調，晶片身分證為國際趨勢，歐洲國家已推行多年，包含西班牙、葡萄牙、義大利、德國及亞洲的馬來西亞等國，皆在晶片上建立生物特徵辨識功能，民眾也可自由選擇是否提供。臺灣與歐洲國家一樣顧及人權，指紋只存在晶片內，民眾不必擔心資料外洩。
內政部︰指紋只存在晶片內 不外洩
內政部指出，愛沙尼亞是世界上最早推行晶片身分證的國家，民眾可利用晶片身分證直接在家投票，目前臺灣已可透過自然人憑證連署罷免，若社會有高度共識及修法，未來可推行電子投票。
臺權會會長翁國彥則反駁，我們的國情跟愛沙尼亞差異甚大，內政部不該如此一廂情願，讓國人個資面臨被洩漏的風險。
「沒有一種特徵比指紋更能證明是自己本人！」戶政司司長張琬宜則說，晶片身分證計畫尚在研議階段，根據國外經驗，確實能有效防偽，對於推動電子化政府亦有助益，另透過生物特徵，對於反恐及資訊安全更有保障，會在兼顧人權及安全上，聽取各界意見及推動變革。
