媒體報導，今年滿65歲的林萬億已取得退休資格，並獲頒臺灣大學名譽教授，可享退休俸與退休軍公教人員優惠存款利率18％，引發外界爭議。
林萬億晚間表示，依現行學校教職員退休條例規定，借調人員於借調留職停薪期間，須返回原校至少教授1門課程。借調期間屆齡就須強制退休，但得於5年內辦理，退休生效日不變。如果未達屆齡而要申請退休者就須歸建，無任何特權可言。
至於從學校借調政務人員就是學官兩棲？或學官兩棲有何利益？他說，政務人員領取政務人員薪資，承擔政務人員職責，臺大教授薪資暫停，且還須返原校義務上課，無學官兩棲、也無額外利益。
林萬億表示，他應於本學期中屆齡退休，但開學初仍是以借調身分義務教授1門課程，到學期中才改為名譽教授兼任。為避免學校、學生因他身分轉換困擾，未於學期中辦退休，將依規定於5年內擇期辦理，不會增加任何退休利益。
至於退休金的計算，他說，依現行政務人員退職撫卹條例規定，他借調行政院年資都不計入教授退休年資，不會有雙重領取、增加退休金好處。政務人員領的是政務人員退職金，是依政務人員薪資提撥，與教授退休金不同，沒重複領取。
林萬億表示，未來年金改革後，不論是依何種身分退休，就依新規定制度運作。年金改革過程中，從未有任何思考針對個人設定特殊條款，更無圖利自己。
他呼籲大家回到制度改革，不合理的制度就應改革，不應聚焦於任何個人。
林萬億表示，對他最有利的退休條件是10年前退休，有增加退休金基數優惠，且早可領取18％，這些好處他都沒爭取，多教了近10年書，現在才爭議是否圖利自己，未免太奇怪。
