中新網報導，上海市三中院依託上海鐵路運輸中級法院設立，並與上海知識產權法院合署辦公。

上海市三中院長、上海知識產權法院院長吳偕林在記者會上表示，明年1月1日起，上海三中院將管轄以市級人民政府為被告的一審行政案件，以市級行政機關為上訴人、被上訴人的二審行政案件，但不包括智慧財產權行政案件。

上海知識產權法院將審理智慧財產權民事和行政案件。

報導指出，據了解，上海市檢察院第三分院管轄案件包括：上海三中院審理的行政訴訟案件與跨地區重大民商事訴訟案件；跨地區的重大環境資源保護和食品藥品安全刑事案件；民航與水運所屬公安機關偵查的重大刑事案件等。

南方都市報日前引述大陸最高法院副院長江必新說，設立跨行政區劃司法機關是要解決案件審理中的地方保護主義問題。最高法院的思路是，利用鐵路法院這個已經具有跨行政區劃的審判機構，來完成制度設計。

大陸鐵路法院主要處理與鐵路運輸業務相關的糾紛案件，因而有跨區審理的特性。